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La orden religiosa franciscana fue la primera en llegar a tierras americanas, predicando la fe cristiana, fue en el año de 1519 cuando llegan al puerto de Veracruz doce franciscanos y en su camino a México se detuvieron en Tlaxcala, donde empezaron a predicar sin rodeos; usando la mímica ya que desconocían el idioma de estas tierras, los misioneros franciscanos fundaron su primer convento en San Juan Totolac en el año de 1524, después fundaron una serie de conventos más incluyendo las capillas, como las que se halla en San Esteban Tizatlán, todas estas construcciones fueron hechas en el siglo XVI.
El pueblo de San Andrés Cuamilpa es uno de los más antiguos, de los pueblos vecinos: San Diego Metepec, San Jerónimo Zacualpan, San Damián Texoloc, Santa Cruz Aquiahuac, su iglesia muestra en su arquitectura ser una de las más antiguas del municipio, portando en la fachada principal rasgos de arquitectura pre-hispánica.
En el archivo de la iglesia, se encuentran fechas importantes que nos muestran la antigüedad de este lugar, actualmente la iglesia cuenta con dos capillas, la principal que esta dedicada a San Andrés Apóstol y la otra que esta dedicada a Jesús de la Columna. De acuerdo a las fechas halladas en los archivos, la capilla de San Andrés fue construida entre los años 1540-1544, esta última es la más antigua del archivo. Otra fecha importante que se da en el año de 1567 nos muestra que el fiscal en ese entonces del pueblo, participó en una toma de posesión, llevando consigo el estandarte de San Andrés Apóstol hecho de lana de color azul.
Existen documentos donde menciona que en 1652 este pueblo llevaba el nombre de San Andrés Cuyuhuacan, y el nombre de uno de sus barrios era el de Chocholacatlan, teniendo un códice de Cuamilpa del siglo XVI este no se encuentra completo solo esta la parte inferior. También existe un recibo donde la población dono 20 cargas de zacate para alimentar los caballos de los españoles (no tiene fecha).
Esto quiere decir que cuando llegaron los españoles en 1519 a Veracruz y ellos pasaron por Tlaxcala y se establecieron hasta 1521 cuando los españoles junto con los tlaxcaltecas y otras culturas derrotaron a los aztecas; el pueblo ya existía por que donaron las cargas de zacate.
Esto nos habla de que los habitantes eran de origen chichimeca o tlaxcalteca, recordemos que los chichimecas salieron de Chicomostoc (lugar de las 7 cuevas en Zacatecas). Es posible que la iglesia de esta población se haya construido sobre un templo o teocalli, por que recordemos que cuando llegaron los españoles y el primer orden religioso siendo los franciscanos, dieron la orden de que se construyeran las iglesias sobre los teocallis para cambiar el concepto de los dioses.
La población paso por varias etapas de evolución y para el año de 1732 ya se habían cambiado el nombre a San Andrés Cuamilpa, también se considero la construcción de otra capilla para Jesús de la Columna, se hizo una solicitud de permiso en el año de 1836 el 5 de septiembre, el 10 de mayo de 1837 se solicito permiso al obispo de puebla para recolectar limosna y construir la capilla, en mayo de 1838 se solicito una prorroga de licencia para seguir colectando limosna, también se obtuvo una licencia el 31 de mayo de 1838 para recolectar en Cholula y la otra el 2 de septiembre para recolectar en la provincia de Tepexco, la capilla de Jesús de la Columna se termino en 1889, y un año después se construyo la fachada que da al patio de la sacristía en el cual existe una placa grabada en piedra con los nombres de las personas que participaron en la construcción de esa fachada y el año.
El templo fue registrado como bienes nacionales el 23 de octubre de 1947 y en el registro público de la propiedad federal el 28 de abril de 1949.
Se dice que en esta iglesia, debajo del altar de Jesús de la Columna hay un pozo de agua, que era de donde la gente se abastecía de este líquido, se dice que a este pozo se le acabo el agua y mucha gente de este pueblo salio hacia otros lugares y así fundaron otros pueblos como el de Santa Cruz Aquiahuac y San Damián Texoloc.
